Pubchem MCP Server

Wat doet de “Pubchem” MCP Server?

De Pubchem MCP (Model Context Protocol) Server fungeert als een brug tussen AI-assistenten en de PubChem API, waardoor het naadloos mogelijk wordt om basisinformatie over chemicaliën en geneesmiddelen op te halen. Door integratie met deze server kunnen AI-systemen automatisch moleculaire details, synoniemen, identifiers en gerelateerde metadata van chemische verbindingen direct uit PubChem ophalen. Deze functionaliteit versterkt ontwikkelworkflows in gebieden als geneesmiddelenonderzoek, bio-informatica en chemische informatica door dataverzameling te automatiseren, handmatige opzoekingen te verminderen en geavanceerde data-gedreven interacties binnen AI-omgevingen mogelijk te maken. De server is ontworpen voor eenvoudige integratie en kan gebruikt worden in diverse platforms en tools die de MCP-standaard ondersteunen.

Lijst van prompt-templates

Er worden geen specifieke prompt-templates vermeld in de repository.

Lijst van bronnen

Er zijn geen expliciete bronnen opgenomen in de repository.

Lijst van tools

Er worden geen expliciete tools beschreven in server.py of in de zichtbare documentatie van de repository.

Gebruiksscenario’s van deze MCP Server

• Geautomatiseerde chemische data-opvraag: Haal direct chemische eigenschappen, identifiers en structuurdata op van elk geneesmiddel of verbinding en versnel zo onderzoeks- en ontwikkelprocessen.
• Geneesmiddelinformatie opzoeken: Bied eindgebruikers of onderzoekers uitgebreide gegevens over bekende geneesmiddelen, inclusief synoniemen, molecuulformule en links naar PubChem-records.
• Integratie in bioinformatica-pijplijnen: Laat AI-gedreven pijplijnen hun datacontext verrijken met gezaghebbende chemische informatie voor taken zoals drug repurposing of interactie-analyses.
• Ondersteuning voor educatieve tools: Maak het mogelijk voor educatieve platforms om rijke, actuele chemische informatie aan te bieden voor lesdoeleinden en demonstraties.
• API-gedreven applicaties: Back-endondersteuning voor web- of mobiele applicaties die actuele chemische data vereisen zonder handmatige API-afhandeling.

Hoe stel je het in

Windsurf

1. Vereisten: Zorg dat Python 3.10 en afhankelijkheden (python-dotenv, requests, mcp, uvicorn) geïnstalleerd zijn.
2. Clone en Installeer:

   git clone https://github.com/sssjiang/pubchem_mcp_server.git
   cd pubchem_mcp_server
   pip install .
   

3. Configuratie bewerken: Open je Windsurf-configuratie en voeg de Pubchem MCP-server toe:

   {
     "mcpServers": {
       "pubchem": {
         "command": "uvx",
         "args": ["pubchem_mcp_server"]
       }
     }
   }
   

4. Opslaan en herstarten: Sla de wijzigingen op en herstart Windsurf.
5. Controleren: Test door een bekend geneesmiddel op te vragen.

Claude

1. Vereisten: Installeer Python 3.10 en de benodigde packages.
2. Clone en Installeer:

   git clone https://github.com/sssjiang/pubchem_mcp_server.git
   cd pubchem_mcp_server
   pip install .
   

3. Configureer Claude: Voeg toe aan je Claude Desktop servers_config.json:

   {
     "mcpServers": {
       "pubchem": {
         "command": "uvx",
         "args": ["pubchem_mcp_server"]
       }
     }
   }
   

4. Herstart Claude.
5. Controleren: Doe een geneesmiddel-opvraag om de installatie te bevestigen.

Cursor

1. Vereisten: Python 3.10 en afhankelijkheden geïnstalleerd.
2. Clone en Installeer:

   git clone https://github.com/sssjiang/pubchem_mcp_server.git
   cd pubchem_mcp_server
   pip install .
   

3. Voeg MCP Server toe: Werk het configuratiebestand van Cursor bij:

   {
     "mcpServers": {
       "pubchem": {
         "command": "uvx",
         "args": ["pubchem_mcp_server"]
       }
     }
   }
   

4. Herstart Cursor.
5. Testen: Zoek een bekende verbinding op.

Cline

1. Vereisten: Installeer Python 3.10 en afhankelijkheden.
2. Clone en Installeer:

   git clone https://github.com/sssjiang/pubchem_mcp_server.git
   cd pubchem_mcp_server
   pip install .
   

3. Configuratie bewerken: Voeg het volgende toe aan je servers_config.json:

   {
     "mcpServers": {
       "pubchem": {
         "command": "uvx",
         "args": ["pubchem_mcp_server"]
       }
     }
   }
   

4. Herstart Cline.
5. Controleer installatie: Bevestig door een voorbeeldopvraag uit te voeren.

Beveiligen van API-sleutels

Er zijn geen API-sleutels vereist voor toegang tot de PubChem API in de huidige setup. Indien nodig kunnen omgevingsvariabelen als volgt ingesteld worden:

{
  "env": {
    "PUBCHEM_API_KEY": "your_api_key"
  },
  "inputs": {}
}

Hoe deze MCP te gebruiken binnen flows

MCP gebruiken in FlowHunt

Om MCP-servers in je FlowHunt-workflow te integreren, begin je met het toevoegen van de MCP-component aan je flow en verbind je deze met je AI-agent:

Klik op de MCP-component om het configuratiescherm te openen. Voeg in het systeem-MCP-configuratiegedeelte je MCP-servergegevens toe met het volgende JSON-formaat:

{
  "pubchem": {
    "transport": "streamable_http",
    "url": "https://yourmcpserver.example/pathtothemcp/url"
  }
}

Na configuratie kan de AI-agent deze MCP nu als tool gebruiken met toegang tot alle functies en mogelijkheden. Vergeet niet “pubchem” te vervangen door de daadwerkelijke naam van je MCP-server en de URL aan te passen naar je eigen MCP-server-URL.

Overzicht

Op basis van het bovenstaande is de Pubchem MCP Server zeer gefocust op een specifiek domein (chemische/geneesmiddelinformatie), eenvoudig te installeren en te integreren met MCP-clients, maar ontbreekt het aan documentatie over prompts, bronnen of geavanceerde features zoals sampling of roots.

Onze mening

Deze MCP-server is eenvoudig en functioneel voor het beoogde doel, maar mist bredere MCP-functionaliteit en documentatie die het geschikter zouden maken voor gevorderde gebruikers. Beoordeling: 3/10.

MCP Score